ซิลวาโน เบนติโวกลิโอและวิตตอเรีย เวตรา สองนักวิทยาศาสตร์จาก CERN ประสบความสำเร็จในการสร้างปฏิสสารขนาดใหญ่ที่สุดเท่าที่เคยมีมา แต่ภายหลังซิลวาโนถูกฆ่าและหลอดปฏิสสารหายไป ในเวลาเดียวกันที่นครรัฐวาติกัน มีการเตรียมการเลือกตั้งพระสันตะปาปาองค์ใหม่หลังองค์ก่อนสิ้นพระชนม์กระทันหัน โดยมีคาเมอร์เลนโญ แพทริก แมคเคนนาเป็นผู้ดูแลความเรียบร้อย ต่อมาพบว่า "เปรเฟริติ" (พระคาร์ดินัลที่มีโอกาสได้รับเลือกเป็นพระสันตะปาปาองค์ใหม่) 4 รูปถูกลักพาตัวไปโดยชายที่อ้างตนว่าเกี่ยวข้องกับองค์กรอิลลูมินาตี ชายคนดังกล่าวประกาศในวิดีโอว่าจะฆ่าพระคาร์ดินัลทุก ๆ ชั่วโมง เริ่มเวลา 2 ทุ่ม ก่อนจะทำลายนครรัฐวาติกันด้วยปฏิสสารตอนเที่ยงคืน วาติกันจึงเชิญตัวเวตราและโรเบิร์ต แลงดอน ศาสตราจารย์ด้านสัญลักษณ์วิทยาจากมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดให้มาช่วยตามหาตัวพระคาร์ดินัลและหลอดปฏิสสาร

แลงดอนได้ชมวิดีโอดังกล่าวและอนุมานว่าพระคาร์ดินัล 4 รูปจะถูกฆ่าที่แท่นบูชาธาตุทั้ง 4 ตาม "วิถีแห่งการรู้แจ้ง" แลงดอนได้รับอนุญาตให้ใช้หอจดหมายเหตุวาติกันเพื่อตามหาเส้นทางดังกล่าวในหนังสือที่เขียนโดยกาลิเลโอ กาลิเลอี แลงดอน เวตราและทหารตำรวจของวาติกันไปที่โบสถ์น้อยกีจีแล้วพบร่างพระคาร์ดินัลเอ็บแนร์ถูกดินอัดในลำคอ ที่หน้าอกถูกประทับตราแอมบิแกรม "ปฐพี" (Earth) ต่อมาแลงดอนและเวตราพบร่างพระคาร์ดินัลลามัสเซท่ามกลางฝูงชนที่จัตุรัสนักบุญเปโตร ที่หน้าอกของท่านถูกประทับตรา "วาโย" (Air) เวตราพยายามจะผายปอดช่วยชีวิต แต่พบว่าปอดของพระคาร์ดินัลถูกเจาะ

ต่อมา แลงดอนและเจ้าหน้าที่ตำรวจไปที่โบสถ์ซันตามาเรียเดลลาวิตโตเรียและพบพระคาร์ดินัลกีเดอราถูกแขวนอยู่เหนือกองเพลิง ที่หน้าอกถูกประทับตรา "เตโช" (Fire) ทั้งหมดพยายามช่วยชีวิตพระคาร์ดินัล แต่ถูกนักฆ่าขัดขวาง แลงดอนหลบหนีไปได้และรีบไปที่แท่นบูชาสุดท้ายคือ น้ำพุจตุมหานที และพบนักฆ่าจับพระคาร์ดินัลแบ็กเจียที่ถูกประทับตรา "อาโป" (Water) ถ่วงน้ำ แลงดอนและผู้เห็นเหตุการณ์คนอื่น ๆ ช่วยชีวิตพระคาร์ดินัลได้สำเร็จ พระคาร์ดินัลแบ็กเจียบอกแลงดอนว่าท่านถูกจับตัวที่ปราสาทซันตันเจโล แลงดอนและเวตราไปที่นั่นและพบเส้นทางลับที่เชื่อมที่นี่กับนครรัฐวาติกัน ทั้งคู่พบตราประทับ 5 อัน ซึ่งอันสุดท้ายไว้ใช้กับคาเมอร์เลนโญ แต่ก่อนจะทันได้เตือนทางวาติกัน แลงดอนและเวตราเผชิญหน้ากับนักฆ่า นักฆ่าไว้ชีวิตทั้งคู่เพราะ "การฆ่าทั้งคู่ไม่อยู่ในแผน" และไปที่รถเพื่อหลบหนี แต่รถคันดังกล่าวระเบิด

แลงดอนและเวตรารีบกลับไปที่วาติกันเพื่อเตือนคาเมอร์เลนโญ แต่พบริกเตอร์ ผู้บัญชาการทหารองครักษ์สวิสถือปืนอยู่ต่อหน้าคาเมอร์เลนโญที่ถูกประทับตรารูปกุญแจไขว้ ริกเตอร์ถูกยิงแต่ก่อนตายมอบกุญแจให้แลงดอน ต่อมามีการค้นพบหลอดปฏิสสารที่หลุมศพนักบุญเปโตรแต่แบตเตอรีเหลือน้อยมาก คาเมอร์เลนโญซึ่งเป็นอดีตนักบินนำปฏิสสารขึ้นเฮลิคอปเตอร์แล้วบินขึ้นเหนือนครรัฐวาติกันก่อนจะกระโดดร่มลงมาก่อนปฏิสสารจะระเบิด ด้วยวีรกรรมนี้ คาเมอร์เลนโญได้รับการยกย่องให้เป็นวีรบุรุษและได้รับเลือกเป็นพระสันตะปาปาองค์ใหม่ ด้านแลงดอนและเวตราใช้กุญแจที่ริกเตอร์ให้ไว้ก่อนตายเปิดดูวิดีโอวงจรปิดที่บันทึกภาพการสนทนาระหว่างริกเตอร์กับคาเมอร์เลนโญ จนพบความจริงว่าคาเมอร์เลนโญเป็นผู้อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ทั้งหมด เขาลอบปลงพระชนม์พระสันตะปาปาองค์ก่อนที่เขามองว่าฝักใฝ่วิทยาศาสตร์และดูถูกศาสนา และวางแผนทั้งหมดเพื่อให้ตนได้รับเลือกเป็นพระสันตะปาปาองค์ใหม่ เมื่อความจริงถูกเปิดเผย คาเมอร์เลนโญหนีไปที่หลุมศพนักบุญเปโตรและเผาตัวตาย

วาติกันประกาศว่าคาเมอร์เลนโญเสียชีวิตจากอาการบาดเจ็บภายในหลังการกระโดดร่มและพระคาร์ดินัลแบ็กเจียได้รับเลือกให้เป็นพระสันตะปาปาองค์ใหม่ นามว่า "ลูกา" โดยมีพระคาร์ดินัลสเตราส์ พระคาร์ดินัลผู้ดูแลการเลือกตั้งเป็นคาเมอร์เลนโญคนใหม่ พระคาร์ดินัลสเตราส์กล่าวขอบคุณแลงดอนที่ให้ความช่วยเหลือและมอบหนังสือของกาลิเลโอให้แลงดอนไว้ใช้ในการเขียนหนังสือเล่มใหม่ ภาพยนตร์จบลงเมื่อพระสันตะปาปาองค์ใหม่ออกไปพบฝูงชนที่ระเบียง